上海交通大学-军事科学院国防工程研究院联合培养项目由上海交通大学船舶海洋与建筑工程学院与军事科学院国防工程研究院共同实施开展。军事科学院国防工程研究院（以下简称研究院）于2017年9月29日组建，是全军国防工程科研设计的拳头力量，承担着国防工程发展研究与论证、国防工程建设与防护关键技术研究、重要国防工程勘察设计，以及重大国防工程项目的技术审查咨询等任务。
研究院现有土木工程一级学科博士学位授权点和2个博士后科研工作站，2个军队（省部级）重点实验室，10个国家和军队级专业技术中心。有中国工程院院士4人，国家有突出贡献中青年专家2人，军队杰出专业技术人才奖2人，军队高层次科技创新人才工程领军人才6人、拔尖人才11人，博士、硕士研究生导师61人。
研究院现已形成较完备的科研和设计学科专业体系，且大部分专业处于国内军内领先地位，先后完成5000余项科研设计任务，取得近千项高水平科研成果，获国家科技进步一等奖4项、二等奖20项，国家自然科学奖、技术发明奖各1项，军队及部委级科技进步一等奖51项、二等奖265项，中国土木工程詹天佑奖1项，中国建设工程鲁班奖1项，国家优质工程奖1项，国家级勘察设计奖5项，军队（省部级）勘察设计奖284项。成果在各级各类国防工程建设、武器装备研制、部队演习训练中得到了广泛应用，发挥了重要作用，为国防工程建设长远发展奠定了坚实科技基础。
联合培养项目依托船舶海洋与建筑工程学院招收土木水利专业的专业学位硕士研究生，采用1+1.5的培养模式，学生第一学年在上海交大校内开展学习，其余学年在研究院进行课题研究，共同培养高层次应用型工程技术人才。